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金融控股公司庫藏股及交叉持股相關問題
金融控股公司法對於金融控股公司因股份轉換而持有自己股份之情形未為規範，而該等情形與公司法第一百六十七條或證券交易法第二十八條之二公司買回自身股份之目的，均不相同，故無法適用公司法第一百六十七條或證券交易法第二十八條之二之規定。有鑑於此，財政部遂於民國九十二年九月二十九日發布函令，就金融控股公司因股份轉換而持有之庫藏股，規定金融控股公司應於轉換之日起三年內，將股份轉讓予員工或配合附認股權公司債、附認股權特別股、可轉換公司債、可轉換特別股或認股權憑證之發行，作為股權轉換之用。逾期未轉讓者，則視為公司未發行股份，並應辦理變更登記。
金融控股公司依前述方式轉讓或轉換後，應將轉讓或轉換之程序、價格、數量、處理期限及轉讓方法於財務報表中附註說明。金融控股公司依股份轉換所取得之股份，不得質押，且於未轉讓前，不得享有股東權利。
此外，金融控股公司法第三十八條規定，金融控股公司之子公司或子公司持有已發行有表決權股份總數百分之二十以上或控制性持股之投資事業，不得持有金融控股公司之股份，亦即明確禁止金控公司與投資事業間之交叉持股。
然而，為使金融控股公司之成立及整併進行順利並具彈性，該法第三十一條允許金融機構辦理轉換為金融控股公司，而原金融機構之投資事業成為金融控股公司之投資事業時，該投資事業因而持有金控公司之股份，得於三年內轉讓所持有股份予金融控股公司或其子公司之員工，或準用證券交易法第二十八條之二第一項第二款作為股權轉換之用，或於證券交易集中市場或證券商營業處所賣出。亦即原金融機構投資事業於三年內仍得持有金融控股公司之股份，若屆期未轉讓、轉換或賣出，該股份則視為金融控股公司未發行股份，並應辦理變更登記。但於此三年期限內，該投資事業對其所持有金融控股公司之股份得否享有表決權，則未規定。
依據財政部官員之口頭見解，金融控股公司法係特別法，其未明文規定者，應回歸公司法之規定。因此若於股份轉換後，該投資事業持有股份達金融控股公司有表決權股份總數三分之一以上，金融控股公司亦持有該投資事業有表決權股份總數三分之一以上，依公司法第三百六十九條之十之規定，該投資事業得行使之表決權不得超過金融控股公司已發行有表決權股份總數或資本總額之三分之一。從而於三分之一範圍內，投資事業仍對其持有金融控股公司之股份享有表決權。
惟上述情形可能造成金融控股公司透過其投資事業或子公司持股，於金融控股公司選任董事或監察人時，行使投票權，支持「公司派」董事或監察人當選，導致多數小股東之意見無法藉由董監選舉充分表達，似有違反公司治理之精神。因此，主管機關已提出金融控股公司法之修正草案，限制金融控股公司子公司持有母公司之股份除享受盈餘及公積分配外，不得享有其他權利，以健全金融控股公司之公司治理。