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營利事業免稅所得相關成本費用損失分攤辦法公布
財政部於96年4月26日公布「營利事業免稅所得相關成本費用損失分攤辦法」，並自96年度營利事業所得稅結算申報案件開始適用。故「以有價證券買賣為專業」、或「以房地產買賣為專業」之營利事業，於97年5月申報96年營利事業所得稅時即需依據新辦法規定，分攤應稅所得與免稅所得所應個別歸屬的成本費用。該等營利事業如有土地、證券、期貨等免稅所得，此等免稅所得應分攤之成本費用將限制只能自免稅所得項下扣減，不可與應稅成本混淆申報，致造成不當降低應納稅負之結果。
‧新辦法承襲以往財政部函釋規定部分：
往財政部函釋規定，營利事業如同時有應稅與免稅所得時，其相關成本、費用與損失如可直接明確歸屬於免稅部份者，應直接將此部份成本、費用與損失列入免稅收入項目下全額減除，不可由應稅收入項下減除；至於無法明確歸屬劃分的成本、費用與損失，則應以合理方式計算應稅與免稅部分間之分攤比例，以劃分出應分攤於免稅所得之相關成本、費用或損失。新辦法之分攤計算公式原則上並未改變，說明如下：
1.營業費用方面，原則上以免稅收入佔淨營業收入與非營業收入合計數之相對比例為分攤方式；但在營利事業之不同部門間進行分攤時，可以選擇以辦公室面積或員工人數等其他比例。
2.利息支出方面，以利息支出與收入之差額就上述土地、證券、期貨等不同免稅項目之個別平均動用資金佔全體可運用資金之月平均比例分別計算。
‧可排除適用新辦法者：
凡非屬買賣有價證券或房地產為專業之一般營利事業（目前實務上以免稅營業收入佔全部營業收入之比例是否達5成以上為判斷是否以該免稅收入為專業之營利事業），僅需就可合理直接歸屬於免稅所得之損費部分列入免稅所得項目下減除，無法明確歸屬之部分則無需分攤。
‧新辦法補充以往函釋所未規定之部分：
1.以往免稅所得僅土地交易所得、證券交易所得、期貨交易所得及股利淨額或盈餘淨額（此項不包括依權益法認列之投資收益）等4項，新辦法則增加「其他法律規定的免稅所得」，包括促產條例的5年免稅、營運總部，或依未來其他免稅法案所享有的租稅減免，其免稅所得所應歸屬之成本、費用或損失部分，未來都要做合理的費用分攤。
2.營利事業不以「免稅收入佔全數營業與非營業收入之相對比例」分攤部門間營業費用，以同時符合下列二條件為前提：
(1)須以該營利事業依據其目的事業主管機關之規範而分設部門營運。
(2)且該營利事業有進行不同部門之個別損益計算。
3.免稅所得來源未出售前之費用遞延分攤規定：
企業若持有土地、證券、期貨等免稅所得來源時，在某年度就其中一來源部分出售、部分未出售，或均未出售的情形下，營利事業尚不可認列屬於未出售部分所應歸屬之成本或損費（包括可直接合理明確歸屬之成本、費用、利息或損失，以及無法直接合理明確歸屬而應分攤之利息支出）。新辦法規定營利事業只能在出售後，才能分攤認列免稅所得的成本、費用或損失，未出售年度不能申報分攤相關成本費用。透過此出售與未出售之相對成本比的方式，稅捐機關可控管企業持有未出售之免稅所得來源，將免稅所得與其相關費用、成本明確辨認歸屬或要求分攤。
舉例來說，甲企業在95年因買進10張A股票而花費可明確歸屬之成本費用9萬元，以及無法直接合理明確歸屬而已分攤之利息支出1萬元，合計10萬元；而甲企業在95年未出售A股票，至96年亦只出售4張，留有未出售股票6張，在申報95年營利事業稅時因完全未出售而使該10萬元全數需遞延至出售年度方得認列。而於96年即應依前述出售與未出售之相對比率分攤計算，故已出售的4張，其成本費用4萬元即應計入96年度之免稅收入項下成本或利息費用，故此分攤將造成證券交易所得金額之改變，分別使95及96年度之基本所得額於加計證券交易所得時受到影響。而應分攤於未出售部份者之6萬元仍需遞延。
4.非以房地產為專業之營利事業買進非屬固定資產的土地：
對於土地之免稅所得，凡非以土地投資為專業的營利事業，如果持有在其帳上非屬固定資產的土地，既未做營運使用，也沒有明確出售計畫者，此筆土地的免稅所得相關費用亦不可於當期列入費用而必須遞延。對於有投資土地卻沒有具體使用計畫的企業而言，新規定將使費用減少，於稅務上將負擔更多應納稅額。
5.前述免稅所得來源因未出售而產生應稅收入時之處理：
若前述尚未出售之免稅所得來源，即土地、證券或期貨，經營利事業運用中產生應稅收入時（舉例而言，土地產生租金收入，證券因借券行為而產生收入等），其各應歸屬於不同免稅所得來源之利息支出部份，可於各該產生之應稅收入範圍內，列為當期費用，並准自計算當年度課稅所得額中減除。