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稅捐稽徵法第28條修正因可歸責於政府機關錯誤致溢繳稅款者退稅期間不以5年為限
依據修正前之稅捐稽徵法第28條，納稅義務人因適用法令錯誤或計算錯誤導致溢繳稅款，僅能於5年期間內申請退還。財政部2006年12月6日台財稅字第09504569920號函釋（下稱95年函釋）參酌部分行政法院見解，認為縱使為適用法令錯誤或計算錯誤以外之其他原因所致之溢繳稅款(包含因稅捐稽徵機關或其他政府機關之錯誤導致者)，納稅義務人請求退稅亦受稅捐稽徵法第28條5年期間的限制。由於可歸責於稅捐稽徵機關或其他政府機關所致之溢繳稅款，納稅義務人往往無從得知，因此亦無法於期限內及時申請退還。95年函釋所採取之廣義解釋，多年來引起稅捐稽徵機關和納稅義務人間許多糾紛。
為解決上述爭議，財政部提案修正稅捐稽徵法第28條，並於2009年1月21日經總統公布。新法對於納稅義務人自行適用法令錯誤或計算錯誤而溢繳之稅捐，其申請退稅期間仍維持為5年。但因稅捐稽徵機關適用法令錯誤、計算錯誤或其他可歸責於政府機關的錯誤所致之溢徵稅款，退稅申請則不受5年期間的限制，且稽徵機關應知有錯誤之原因時起兩年內查明退還。稅捐稽徵法第28條修正前，因可歸責於政府機關錯誤所致之溢繳稅款，亦適用修正後之規定。另外，修正後條文並明確規定，退還溢繳稅款時，稅捐稽徵機關應按日加計利息，一併退還。