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智慧財產局可否在舉發程序中就申請階段時已審查過的引證案作出不同認定？
智慧財產局（下稱智慧局）核准專利後，任何人若認為該專利不具新穎性或進步性，即可附具相關先前技術為引證案，向智慧局提起舉發，請求撤銷該專利。相較於某些國家規定，公眾請求無效審查之範圍，不得涵蓋專利主管機關在審查階段已經實質審查過之爭點，但我國卻無類似規定。因此，若舉發人所提出之引證案，為智慧局在專利核准前之審查階段即已引用並實質審查過者，智慧局能否在舉發程序中改變立場，基於同一引證案而認為其請求項不具進步性，進而撤銷專利權？向有爭議。由最高行政法院103年判字第242號判決（判決日：2014年5月15日）及智慧財產法院102年行專訴字第50號判決（判決日：2013年10月9日）所涉舉發案觀之，目前實務上似採肯定立場。
本案之系爭專利係關於手工具之發明，智慧局在系爭專利申請階段，曾發出審查意見，認為引證案A可證明系爭專利全部請求項皆不具進步性，要求專利申請人申復或修正；專利申請人隨即針對各請求項與A之差異提出說明，並對請求項進行修正，智慧局經審查修正後之申請專利範圍後，作出「核准專利」之審定。其後，系爭專利遭第三人提出舉發，舉發人亦引用相同之引證案A主張某些請求項不具進步性。智慧局贊同舉發人之主張，認為引證案A實質上已完全揭露系爭請求項之結構與組成，足以證明系爭專利不具進步性，並以引證案A合併系爭專利說明書所載先前技術之證據組合亦能證明系爭專利不具進步性為由，審定舉發成立，撤銷該等請求項之專利權。專利權人乃向智慧財產法院提出行政訴訟，訴稱智慧局於專利申請階段與舉發程序中就引證案A能否證明系爭專利不具進步性之認定結果相反，又未說明相反的理由，違反行政程序法之誠信原則及說明理由原則等與。
智慧財產法院於一審判決（102年行專訴字第50號行政判決）中，表明系爭專利相關請求項之技術內容均已實質為引證案A所揭露，形狀上之差異點又為技藝人士根據系爭專利說明書所載先前技術可直接理解，故維持智慧局之舉發成立審定。此項結論，在最高行政法院之二審判決（即103年判字第242號行政判決）亦獲得支持。
值得一提者，智慧財產法院及最高行政法院在其判決中，對於智慧局引用「系爭專利說明書所載先前技術」與引證案A進行組合，均表示肯定。其理由係基於最高行政法院101年度判字第774號判決中有關「禁反言或誠實信用原則，於專利有效性之訴訟，亦有其適用」之意旨，認為既然專利權人於申請系爭專利的過程中，在系爭專利說明書上，載明某一專利或某一技術（引證案B）作為先前技術，則在判斷系爭專利是否具備專利要件時，自得依專利權人在系爭專利說明書之主張，逕認該引證案B之技術為先前技術，無庸再為舉證，以禁止專利權人反覆，並保護舉發人或一般公眾基於信賴專利權人之主張而構建之相對利益。此等判決結果似乎表示，法院認為凡已列在專利說明書中之先前技術，均無待引證，而可與其他引證案組合而成為舉發證據。若是，此等見解勢將實質減輕舉發人之舉證責任；有鑑於此，專利申請人將來在撰寫說明書時，對於先前技術之揭露方式及揭露技巧，需為更審慎之評估。